Listę gatunków dziko występujących roślin objętych ochroną określa Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej roślin (Dz.U. 2014 poz. 1409).
W granicach Parku stwierdzono występowanie łącznie 49 chronionych gatunków roślin naczyniowych, z czego 17 gatunków objętych jest ochroną ścisłą, a 32 podlega ochronie częściowej.
Gatunki roślin naczyniowych objęte ochroną ścisłą:
PAPROTNIKI (PTERIDIOPHYTA)
- podejźrzon księżycowy (Botrychium lunaria) (1)
- poryblin jeziorny (Isoëtes lacustris) (3)
NASIENNE (SPERMATOPHYTA)
- bagnica torfowa (Scheuchzeria palustris)
- brzeżyca jednokwiatowa (Littorella uniflora) (3)
- goździk pyszny (Dianthus superbus) (1)
- grążel drobny (Nuphar pumila)
- lobelia jeziorna (Lobelia dortmanna) (3)
- pełnik europejski (Trollius europaeus) (1)
- pływacz drobny (Utricularia minor) (3)
- pływacz zachodni (Utricularia australis)
- przygiełka brunatna (Rhynchospora fusca)
- rosiczka długolistna (Drosera anglica) (3)
- rosiczka okrągłolistna (Drosera rotundifolia)
- rosiczka owalna (Drosera x obovata)
- (*) szafirek miękkolistny (Muscari comosum) (1)
- tajęża jednostronna (Goodyera repens)
- wielosił błękitny (Polemonium coeruleum) (1)
Gatunki roślin naczyniowych objęte ochroną częściową:
PAPROTNIKI (PTERIDIOPHYTA)
- widlicz spłaszczony (Diphasiastrum complanatum)
- widłak goździsty (Lycopodium clavatum)
- widłak jałowcowaty (Lycopodium annotinum)
- wroniec widlasty (Huperzia selago)
NASIENNE (SPERMATOPHYTA)
- bagno zwyczajne (Ledum palustre)
- bażyna czarna (Empetrum nigrum)
- bobrek trójlistkowy (Menyanthes trifoliata)
- (*) cebulica dwulistna (Scilla bifolia)
- cis pospolity (Taxus baccata)
- gnieźnik leśny (Neottia nidus-avis)
- goździk piaskowy (Dianthus arenarius)
- groszek błotny (Lathyrus palustris)
- gruszyczka mniejsza (Pyrola minor)
- grzybienie białe (Nymphaea alba)
- grzybienie północne (Nymphaea candida)
- jaskier wielki (Ranunculus lingua)
- kocanki piaskowe (Helichrysum arenarium)
- kruszczyk rdzawoczerwony (Epipactis atrorubens)
- kruszczyk szerokolistny (Epipactis helleborine)
- kukułka plamista (Dactylorhiza maculata)
- kukułka szerokolistna (Dactylorhiza majalis)
- listera jajowata (Listera ovata)
- modrzewnica zwyczajna (Andromeda polifolia)
- naparstnica zwyczajna (Digitalis grandiflora)
- podkolan zielonawy (Platanthera chlorantha)
- pomocnik baldaszkowy (Chimaphila umbellata)
- (*) śnieżyczka przebiśnieg (Galanthus nivalis)
- turówka leśna (Hierochloë australis)
- turzyca piaskowa (Carex arenaria)
- wawrzynek wilczełyko (Daphne mezereum)
- wilżyna ciernista (Ononis spinosa)
- włosienicznik rzeczny (Batrachium fluitans)
Objaśnienia:
(1) - gatunki wymagające ochrony czynnej
(2) - gatunki, których dotyczy zakaz transportu okazów gatunków roślin dziko występujących, zgodnie z par. 6 ust.1 pkt 6 rozporządzenia oraz nie dotyczy odstępstwo, o którym mowa w par. 8 pkt 3.
(3) - gatunki, których nie dotyczy odstępstwo, o którym mowa w par. 8 pkt 1.
(*) - gatunki obce regionalnie